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Identificação de hifomicetes aquáticos por sequenciação da região ITS2

folhas_em_decomposio.jpgOs hifomicetos aquáticos desempenham um papel essencial nos ciclos de matéria orgânica nas nascentes dos rios. Estes fungos produzem enzimas extracelulares que degradam os polímeros complexos de plantas numa fonte de material mais adequado e nutritivo para os invertebrados detritívoros.

O grupo de Fernandes e colaboradores comparou a eficiência da análise da região ITS2 através dos métodos moleculares DGGE (Eletroforese em gel com gradiente de desnaturação) e a pirosequenciação 454 com a identificação morfológica dos esporos por observação microscópica para o estudo da biodiversidade de hifomicetos em folhas de Quercus rubor em decomposição em cinco ribeiros portugueses.

Estes investigadores observaram que a pirosequenciação foi mais eficiente que DGGE na identificação de OTUs (Operational TAxonomic Units). Contudo, apenas 53% dos hifomocetos foram identificados em simultâneo por pirosequenciação e por morfologia de esporos, enquanto 26% foram identificados apenas por morfologia de esporos e 21% por pirosequenciação.

Dois problemas foram identificados para as diferenças obtidas. Um dos problemas está relacionado com a ausência de sequências de ITS nas bases de dados para algumas das espécies identificadas por morfologia. A outra questão prende-se com os limites de distância filogenética de 3% normalmente utilizados para a criação de OTUs na pirosequenciação. Alguns hifomicetos aquáticos com morfologia distinta nos esporos têm sequências de ITS que diferem menos de 3%. Por exemplo as sequências ITS de Lemonniera alabamensis e L. aquatica diferem apenas em 1,3%. Mesmo espécies pertencentes a géneros diferentes, como Heliscus submersus e Flagellospora penicillioides, diferem apenas em 1,1%.

De forma global a sequenciação 454 é uma ferramenta poderosa para o estudo da diversidade de hifomicetos aquáticos mas é necessário identificar um maior número de sequências de ITS para enriquecer a diversidade das bases de dados. 

 

Fernandes I, Pereira A, Trabulo J, Pascoal C, Cássio F, Duarte S. 2015. Microscopy- or DNA-based analyses: Which methodology gives a truer picture of stream-dwelling decomposer fungal diversity? Fungal Ecology, 18:130-134.

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