PROKARYOTE GENE PREDICTION

PROKARYOTE GENE PREDICTION (PGP) é um pipeline de ferramentas bioinformáticas desenvolvido para a anotação de genomas bacterianos.

O PGP utiliza o Prodigal para previsão ab initio de genes e corrige de forma automática a sua posição inicial com uma estratégia baseada no GenePrimp. O PGP alinha por BLAST as proteínas obtidas contra proteínas bacterianas já descritas, analisa os alinhamentos, determina a necessidade de encurtar ou estender genes e introduz as correções necessárias.

Para cada gene previsto, a função é identificada de forma automática pelo PGP através das bases de dados Pfam, TIGRFAM, Hamap, PIRSF, PRINTS, SMART, SUPERFAMILY, ProSite e COG. Os resultados da anotação são organizados num ficheiro gbk ou gff.

O PROKARYOTE GENE PREDICTION pode ser utilizado em genomas completos ou genomas draft.